“即使花兒被摧毀，我們還可以栽種啊——”

儘管阻止了最壞的結局，PLANT與奧布簽訂停戰條約，但未來依然不明朗，動盪和潛在的戰爭火種依然潛伏在世界各處的陰影中。取得了最終勝利的第三勢力，將為“被選擇的未來”，付出“自由的代價”。

為維持戰後秩序，世界和平監視機構——羅盤就此創立，基拉等人作為組織成員開始介入各地的戰鬥。

C.E.75，戰火仍未消停，獨立運動、藍波斯菊武裝襲擊陸續發生……

在此情況下，在戰鬥獨立運用中誕生的新興國家Foundation提議對藍波斯菊大本營展開共同作戰……